IGESファイルを開こうとすると、読み込みのダイアログが開きます。
・直接ポリゴンを生成する
曲線の多いパーツを読み込む場合、このチェックを外しておいてC4D上でカーブのポイント等を調整することもできるようです。（経験上、好ましい状態になることが少なかったです）。
分割数は多い方が再現性が高くなりますが、ポリゴン、ポイント数が増えますので、重くなります。
ポリゴン化が終わったオブジェクトはポリゴンの形やポイントが重なっていたり位置がおかしいものがあります。
これらの整理をするという作業が生じてしまう場合がありますが、CINEMA 4Dにはそんな時に使用するツールとしてチェックツールというものがあります。
表示方法は、
オブジェクトウィンドウのメニューで、「モデリング」を選択します。
「メッシュチェック」タブで、
メッシュチェックを有効にチェックを入れると、メッシュの状態が確認できるようになります。
この
・孤立ポイント
・不正なポリゴン
について、修正が必要なものか確認していくとよいと思います。